Ο Παναγροτικός Σύνδεσμος ιδρύθηκε το 1989 στη Λευκωσία, από αγρότες και κνηνοτρόφους. Είχε τότε αποφασιστεί ότι το έμβλημα του θα είναι βρακοφόρος σποριάς εις ένδειξη σεβασμού προς τον Κύπριο αγρότη.
Πρώτος Γενικός Γραμματέας του Παναγροτικού Συνδέσμου Κύπρου, διετέλεσε ο κ. Νίκος Βύζακος. Στο Παγκύπριο συνέδριο του 1993, εκλέγεται νέος Γενικός Γραμματέας ο κ. Κούλης Παπαχριστοφόρου και ψηφίζεται η τροποποίηση του καταστατικού.
Σε αυτό το διάστημα αρχίζει η συνεχής ενημέρωση της Κυβέρνησης για τα προβλήματα των αγροτών. Η συνεργασία με την Τοπική Αυτοδιοίκηση, τις Δημόσιες υπηρεσίες, τις Συνδικαλιστικές Οργανώσεις, βοηθά να αντιμετωπισθούν τα προβλήματα των αγροτών και να βρεθούν οι τρόποι επίλυσης τους. Σταδιακά, οι στόχοι και το ενδιαφέρον του Παναγροτικού στράφηκαν στην προετοιμασία του γεωργοκτηνοτροφικού τομέα για ομαλή ένταξη στην ΕΕ και μετ’ενταξιακά στην εκπροσώπηση των Κυπρίων αγροτών στα θεσμοθετημένα όργανα της ΕΕ.
Το 2003, Πρόεδρος εκλέγεται ο κ. Κώστας Σάκκαλος και Γενικός Γραμματέας εκλέγεται ο κ. Κυριάκος Χατζηγιάννης.
Το 2008, Πρόεδρος εκλέγεται ο κ. Αντώνης Καρατζιάς και Γενικός Γραμματέας εκλέγεται ο κ. Νεκτάριος Κάρυος.
Το 2014, Πρόεδρος εκλέγεται ο κ. Ανδρέας Παπαπολυβίου και ο κ. Αναστάσης Γιαπάνης, ο οποίος είναι ο Γενικός Γραμματέας μέχρι σήμερα.
Οι τροποποιήσεις του σημερινού καταστατικού, εγκρίθηκαν τον Οκτώβριο του 2016.
Στο Παγκύπριο Συνέδριο του 2017, τα μέλη της Εκτελεστικής Γραμματείας εκλέγονται χωρίς ανθυποψήφιο. Στη θέση του Προέδρου ο Κυριάκος Καϊλάς, Γενικός Γραμματέας ο Αναστάσης Γιαπάνης, Γενικός Οργανωτικός ο Ανδρέας Αλεξάνδρου, Γενικός Ταμίας ο Γιώργος Κυπριανού και Βοηθοί Γενικοί Γραμματείς οι Νικόλας Λίγγης και Γιώργος Πάρπας.
Στο Παγκύπριο Συνέδριο του 2022, τα μέλη της Εκτελεστικής Γραμματείας εκλέγονται χωρίς ανθυποψήφιο. Στη θέση του Προέδρου ο Κυριάκος Καϊλάς, Γενικός Γραμματέας ο Αναστάσης Γιαπάνης, Γενικός Οργανωτικός ο Γιώργος Κυπριανού, Γενικός Ταμίας ο Ζαχαρίας Συμεού και Βοηθοί Γενικοί Γραμματείς Γιώργος Πάρπας και Νικόλας Λίγγης.
